□ 제주연구원은 정책이슈브리프 「2026년 세제개편안의 제주지역 영향과 선제적 대응과제」를 발간하고, 정부의 지방차등 세제지원 확대에 대응해 제주가 최고 수준의 지방우대를 확보하고 이를 실제 기업투자와 지역경제 활성화로 연결해야 한다고 제안했다.

□ 2026년 세제개편안은 R&D·설비투자, 국내생산, 중소기업 취업·창업 등 주요 세제지원에 지역별 차등체계를 도입한 것이 특징으로, 향후 기업의 투자지역 선택과 지역 간 입지경쟁에 영향을 미칠 것으로 전망된다.

□ 보고서는 제주가 해상물류비, 협소한 내수시장, 전문인력 확보의 어려움, 독립된 에너지계통 등 구조적 추가비용을 부담하고 있어 어느 수준의 지방우대를 적용받느냐가 산업경쟁력의 중요한 변수가 될 것으로 분석했다.

● 특히 제주가 경쟁지역보다 낮은 우대를 받을 경우 상대적인 입지경쟁력이 약화될 수 있어,‘세제혜택의 유무’보다‘경쟁지역 대비 우대수준’이 중요하다고 강조했다.

□ 또한 높은 지방우대를 확보하더라도 실제 세제를 활용할 기업이 없다면 효과가 제한적이므로, 재생에너지·분산에너지, AI·디지털 전환 등 제주 전략산업과 연계해 세제혜택을 실제 투자로 연결할 기업과 프로젝트를 발굴해야 한다고 제안했다.

□ 관광·소상공인 분야에서는 관광호텔 숙박 VAT 환급특례 종료와 카드매출 VAT 공제 축소가 부담요인으로 작용할 가능성이 있는 반면, 음식점과 농어업 관련 일부 조세특례 연장은 비용 부담을 완화하는 요인이 될 것으로 분석했다.

□ 마지막으로 보고서에서는 제주지역의 선제적 대응과제로 다음 4가지 정책방향을 제시했다.

● 첫째, 최고 수준의 지방우대 확보다. 물류비·시장접근비용·전문인력 확보비용 등 제주 기업이 부담하는 추가비용을 계량화하고, 도서성이 지방우대지수에 충분히 반영되도록 객관적인 근거를 마련해야 한다.

● 둘째, 전략산업의 세제활용 프로젝트화다. 세액공제와 입지·보조금·정책금융·규제특례 등을 결합한‘제주형 투자 패키지’를 마련하고, 세제혜택을 실제 활용할 기업과 투자계획을 발굴할 필요가 있다.

● 셋째, 제주특례의 차별성과 지역환류 체계 재설계다. 다른 지역과의 실효세부담을 비교해 제주특례의 상대적 경쟁력을 점검하고, 세금감면이 실제 투자·R&D·고용으로 이어지도록 해야 한다.

● 넷째, 관광·소상공인 등 취약분야 보완과 후속 대응체계 구축이다. 업종별 영향을 점검하고 경영안정·디지털 전환·금융비용 절감 등 비세제 지원과 연계할 필요가 있다.

□ 고봉현 제주연구원 연구위원은 “이번 세제개편에서 제주에 중요한 것은 경쟁지역과 비교해 어느 수준의 우대를 확보하느냐”라며, “2027년 시행령 확정 이전부터 제주의 도서성과 기업활동 추가비용이 지방우대 체계에 충분히 반영되도록 대응하고, 확보된 세제혜택을 실제 투자와 고용으로 연결하는 실행전략을 마련해야 한다”고 강조했다.